国乒弃赛事件发生后，不少网友批评苟仲文不懂体育、瞎指挥，有些媒体也认为他是典型的外行人管内行人，甚至有呼声要求他应引咎辞职。
“他此前对体育的了解固然不多，”一位与苟仲文有过接触的知情人士告诉《中国新闻周刊》，“但借此就批评他外行人管内行多少有些武断。”
据这位人士介绍，苟仲文对体育的认识并不肤浅，尤其是在体育管理体制的改革上，有很多自己的想法。他出任局长后非常注重调查，还组织召开了一次座谈会，邀请来自一线的基层体育工作者，听取他们的意见和建议。与会者不仅有运动员、教练员、机关工作人员，还有后勤保障人员和体育新闻工作者。
一个很有说服力的例子就是，在准备2016年末全国体育局长会议的发言稿时，苟仲文没有按照惯例让政法司起草文件，也没有让秘书代笔，而是自己亲自执笔。据当时在场的人回忆，新局长的发言条理清晰，言之有物。在近一个半小时的发言中，几乎全程脱稿，显示出他对体育工作的熟悉。
也正是在这次发言中，他提出“我看篮球就可以请姚明当协会主席”。如今回过头看，苟仲文当时的话显然是有备而来。
两个月后，姚明在中国篮球协会第九届全国代表大会上全票当选新一届中国篮协主席。姚明以一个完全没有公职的身份成为篮协主席，被视为苟仲文重启改革后的一次破冰，打破了多年以来管（管理中心）协（协会）难分的僵局。
破冰后，苟仲文开始加速各个单项体育协会的实体化进程。继姚明之后，郎平出任中国排协副主席、李琰担任中国滑冰协会主席、王海滨出任中国击剑协会主席、沈金康担任中国自行车运动协会主席……
据《中国新闻周刊》不完全统计，截至7月中旬，已有中国篮协、中国滑冰协会、中国冰球协会等15个单项体育协会的负责人进行了调整，一大批专业出身的运动员、教练员走上前台，开始执掌协会。
执教过国家散打队、国家空手道队、国家跆拳道队的“金牌教练”管健民，在这轮调整中也被选为中国跆拳道协会、中国空手道协会主席。他在接受《中国新闻周刊》采访时说，这给广大运动员、教练员提供了更广阔的发展空间。
管健民表示，出任主席后，他将努力让协会发挥更大的作用，把跆拳道、空手道这两个项目引领到一个新的高度。在为国争光的同时，让更多的人参与进来，真正从中收获到健康和快乐。
此前有媒体报道，姚明、郎平等知名运动员、教练员到协会任职，背后直接的推手就是苟仲文。据说，为了劝说郎平，他单独和郎平交流了近3个小时。
前述不愿具名的知情人士告诉《中国新闻周刊》，在考察协会主席人选的过程中，苟仲文没有按照惯例，先让各方面推荐，再大范围地征求意见，而是绕过业务部门，直接找有关运动员、教练员单独谈话。
这位知情人士分析，这种一对一的工作方式，可能与苟仲文曾长期在军工单位工作有关。另外更重要的是，这可以避免各方面的干扰。
事实上，苟仲文本人对此也是深有感触。之前有媒体曾报道说，他刚到国家体育总局，就对身边的人说，“体育的水很深，改革的第一步就是认清体育系统的复杂性。”
苟仲文一方面为协会引入新生力量，推进协会改革；另一方面，则对原有的管理机制，尤其对管理中心进行了大刀阔斧的改革，以适应协会实体化的要求。
国家体育总局棋牌管理中心主任罗超毅6月在南宁出席城市围棋联赛2017-2018赛季揭幕战时，向外界透露：总局对各个管理中心的改革，已经确定了时间表，“一些非奥运项目已经先走了几步，很快就要轮到奥运项目”。
据罗超毅介绍，这轮改革的总体要求是五脱钩。“第一个是机构脱钩，协会要与管理中心脱钩，协会要独立运行；第二是职能脱钩，有很多事情现在是管理中心替代协会办，下一步两者的职能要分离；第三是资产脱钩；第四是人员脱钩，亦即分流；第五是党务工作与外事工作脱钩，党务工作由党的部门来管，外事工作要实行属地化管理。”
而协会的实体化改革，将根据各自项目的市场化程度分为三类：第一类，市场化非常高的足、篮球运动，协会进一步放权，由联赛公司负责联赛运营，协会则负责国家队和业余运动推广；第二类，国家队成绩出众但联赛市场化水准相对较低的协会，比如排球、乒乓球、羽毛球等，协会既要继续搞好国家队成绩，又要注意培养联赛，争取实现联赛的快速发展；第三类，尚未拥有商业联赛且不适合搞商业化的运动协会，比如举重、柔道、跆拳道等，则在体育总局的扶持下全力提高国家队成绩。
改革中的争议