小保方晴子在实验室照片
研究所成立调查组揭穿骗局 论文被撤取消博士学位
2月底，美国的科学家们宣布在已经进行的实验里，没有任何一组能够重复实现晴子的结果。此外，还有一位美国科学家指出，小保美晴子的实验成果采用图片与其博士论文图片相似。
在舆论压力下，理化学研究所2014年2月中旬成立专门委员会调查论文材料可信性。
3月14日，理化学研究所公布初步调查报告，证明晴子的实验方法和结论都存在致命错误，但不能肯定是蓄意造假。
4月1日，理化学研究所最终报告发布，认为晴子是蓄意造假，篡改实验数据，实验记录混乱且不全，根本无法证明其实验结果。
4月8日，小保方递交申诉称，对论文中的照片做手脚，只是为了让它“更漂亮”。事情到此基本上水落石出了，但晴子仍然拒绝承认她的研究成果站不住脚，解释称“STAP细胞表征经过多次确认，我们曾经200多次成功培育出STAP细胞”。
小保方晴子在新闻发布会现场流下眼泪
4月12日，事情的性质出现了一些变化。本来仅仅是学术研究内部的一些问题，晴子和研究所的关系全面恶化，研究所禁止晴子进入其研究楼，而晴子由律师提出补充材料，希望进行第二次调查。
到了6月4日，双方似乎达成某种妥协，晴子表示同意从Nature上撤下发表的两篇文章，而研究所同意晴子从6月30日开始在受监视的环境下，重复她声明成立的实验。
与以往不同，她将使用另外的实验室，单独进行验证实验。为确保实验的透明性，实验室入口处和室内安装有3个摄像头，实施24小时监控，研究所指定的外部研究员将在现场监督. 细胞的培养仪器将上锁, 出入实验室实施电子卡门禁管理，实验将从7月1日延续到11月。
2014年12月19日，日本理化学研究所召开新闻发布会，公布“STAP细胞”实验结果，在验证STAP细胞是否存在的验证实验中，小保方晴子未能制作出这种细胞，实验宣告结束。小保方晴子本人并未出席新闻发布会，会上公示了由她本人所写的一封辞职信，正式为这次震撼整个学术界的悲剧画上了句号。
日本早稻田大学也于2015年11月2日宣布，正式取消小保方晴子的博士学位。早稻田大学去年认定小保方晴子的博士论文存在盗用图片等问题，要求其在1年内进行修改，重新提交符合学术规范的论文。但早稻田大学最终认定小保方晴子修改后的论文未能达到审查要求，故正式撤销其博士学位。
令人唏嘘的悲剧:导师因精神压力自杀
2014年8月5日上午，日本著名科学家?井芳树在其所在的理化学研究所自杀身亡，时年52岁。?井芳树生前是日本国立理化学研究所下属的发生与再生科学综合研究中心副主任，是再生医学领域的一名世界级学者。
作为小保方晴子在《自然》杂志发表有关新型万能细胞“STAP细胞”的论文的共同作者，?井被批评缺乏监督，他为此曾作出道歉。事实上，STAP细胞论文造假事件发生后，?井芳树一直生活在舆论的压力下。在自杀一个月前，?井开始到医院就医。